En mayo de 1540, el rey Carlos I de España lo nombró adelantado de España, otorgándole el cargo de gobernador de Popayán y de un amplio territorio ubicado en las actuales Ecuador y Colombia. El Edicto Real que lo nombre así es el siguiente: "El emperador Carlos V de Alemania y Carlos I de España le otorgaron la real cédula de 10 de marzo de 1540, que dice:
"Don Carlos, por la Divina Clemencia, Emperador siempre Augusto Rey de Alemania; Doña Juana su madre, y el mismo Don Carlos, por la Gracia de Dios, Rey de Navarra, de Mallorca, de Sevilla, de Cerdeña, de Castilla, de León, de Aragón, de las dos Sicilias, de Jerusalén, etc., por cuanto vos Capitán Sebastián de Belalcázar, continuando vuestros servicios con gente a pie y de a caballo, a vuestra costa habéis descubierto, conquistado y poblado las Ciudades de Popayán y Santiago de Cali y Villas de Anserma, Guanacas, Neiva y otras Provincias y tierras a ellas comarcanas, es nuestra merced y voluntad que de ahora y de aquí en adelante por todos los días de vuestra vida seáis nuestro Gobernador y Capitán General de dichas Ciudades".
"Don Carlos, por la Divina Clemencia, Emperador siempre Augusto Rey de Alemania; Doña Juana su madre, y el mismo Don Carlos, por la Gracia de Dios, Rey de Navarra, de Mallorca, de Sevilla, de Cerdeña, de Castilla, de León, de Aragón, de las dos Sicilias, de Jerusalén, etc., por cuanto vos Capitán Sebastián de Belalcázar, continuando vuestros servicios con gente a pie y de a caballo, a vuestra costa habéis descubierto, conquistado y poblado las Ciudades de Popayán y Santiago de Cali y Villas de Anserma, Guanacas, Neiva y otras Provincias y tierras a ellas comarcanas, es nuestra merced y voluntad que de ahora y de aquí en adelante por todos los días de vuestra vida seáis nuestro Gobernador y Capitán General de dichas Ciudades".