Tanto en España como en sus otros reinos, el gobierno de Carlos V constituyó una monarquía personal ejercida a través de instituciones centralizadas, pero no unificadas. De este modo el monarca, antes que rey de España, lo era de Castilla, Aragón, etc., y su poder estaba condicionado por las leyes locales. Carlos se valió del Consejo Real, heredado de sus abuelos, los Reyes Católicos, y lo reorganizó en consejos especiales, según las distintas tareas administrativas. Había dos tipos de consejos, el de Estado y los que integraban el cuerpo administrativo propiamente dicho. La modernización de los órganos de gobierno requirió, conforme a los criterios del emperador, la progresiva exclusión de los consejos de los miembros de la nobleza y del clero, incluyendo en su lugar a consejeros procedentes de la clase media y juristas. Como dato revelador, en las cortes de Toledo de 1538 fueron expulsados nobles y eclesiásticos con el pretexto de su oposición a la sisa, impuesto directo sobre el consumo de carne, harina y otros alimentos.