Carlos gobernó sus dominios como el más alto exponente de una organización dinástica, y en cada estado designó un regente o un virrey, a veces miembro de la familia de los Habsburgo o elegido de la nobleza española. En cada país de la monarquía, como llamaban sus contemporáneos al imperio de Carlos V, había un virrey, como en Aragón, Cataluña, Valencia, Sicilia, Cerdeña, Nápoles y Navarra. En los Países Bajos tenia un gobernador general, que fue su tía Margarita de Austria (hasta su muerte en 1530) y posteriormente, hasta 1558, su hermana María de Hungría. Los dominios alemanes habían quedado en manos de su hermano Fernando. Su pensamiento se asentaba en la idea de que la unión familiar constituía el mejor soporte para su vasto imperio. También las Indias, Perú y Nueva España estaban gobernados por virreyes.