La decisión de Don Fernando de volverse a casar después de la muerte de Isabel parece en contradicción con aquella voluntad de realizar la fusión de ambas coronas; de haber sobrevivido, el hijo que nace en 1509 de la unión de Fernando el Católico con Germana de Foix hubiera puesto en peligro este objetivo. La situación se explica por los recelos que le inspiran a Don Fernando los acontecimientos de Castilla después de la muerte de Isabel: Felipe el Hermoso pretende reinar en nombre de su esposa, Juana la Loca, y encuentra partidarios en Castilla; a Fernando lo echan del reino que había gobernado durante treinta años. La desaparición de Felipe le permite tomar otra vez las riendas del poder, pero no le hace ninguna gracia la perspectiva de tener como sucesor a su nieto Carlos de Gante, educado en Flandes, rodeado de una corte de extranjeros y de castellanos que aspiraban a restituir a la nobleza la influencia política que había tenido antes de 1474. Estas inquietudes permiten entender, primero el matrimonio con Germana de Foix, luego el testamento, pronto anulado, en el que, después de su muerte, dejaba la gobernación de los reinos de Castilla y Aragón, no a su nieto primogénito, Don Carlos, sino a su otro nieto, el Infante Don Fernando, que vivía y se educaba en España. Más que a sentimientos anticastellanos, hay que achacar estos proyectos y estas vacilaciones al temor de ver la obra de todo un reinado arruinada por la llegada de una dinastía extranjera y en esto también se mostró fiel Don Fernando a las grandes orientaciones definidas en estrecha conformidad don Doña Isabel, ya que si Don Fernando aceptó finalmente las cláusulas matrimoniales de 1469 y la proclamación de Segovia de 1474 que reservaban a la sola Isabel el título de reina y propietaria de Castilla era precisamente para evitar que las vicisitudes de una sucesión futura hicieran recaer un día la corona en cabeza extranjera, al casarse la heredera del reino con un príncipe de otra nación.