Fue ejecutado el 8 de julio de ese mismo año en la cárcel por estrangulamiento de torniquete y su cadáver decapitado en la
Plaza Mayor de Cuzco. Malgarida, su fiel sirvienta de
color, tomó el cadáver de su amo y lo enterró en la
Iglesia de la Merced en el Cuzco.
Su hijo Diego de Almagro el Mozo intentó vengar a su padre, sin embargo, Francisco Pizarro murió en el
palacio de Lima en 1541 a manos de Juan de Rada. Hernando Pizarro marchó a
España a justificar su conducta ante el rey y fue encarcelado
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