Cubre el crucero una
cúpula sobre pechinas, compuesta de tambor circular y casquete semiesférico. Las pechinas se encuentran decoradas con cuatro lienzos ovalados que representan los cuatro padres de la
iglesia realizados en 1727 por Pedro de
Cabrera, así como el
escudo de armas del obispo Armengual en madera tallada, policromada y dorada. Los brazos del crucero albergan cuatro
retablos. El obispo Armengual patrocinó los ubicados en los testeros principales y dejó establecido en su disposición testamentaria que se dedicaran a
San Liborio y San Rafael. Son obras gemelas de 10 x 5,50 m. Presentan un solo cuerpo de estípites para enmarcar los lienzos rematados por áticos con bajorrelieves en madera policromada que representan las apoteosis de San Cayetano y San Carlos Borromeo, piezas genovesas de madera tallada y policromada de 1,60 x 1,60 m aprox., cuya factura puede relacionarse con la producción de Francisco María Galeano.