A partir del siglo XIX después de la desamortización, vivió su declive y pasó a pública subasta.
El interior es muy similar a la
iglesia de
Santo Tomás, destacando su
bóveda estrellada, una de las más ricas de la ciudad, posiblemente obra de Juan Guas. Las obras en el
monasterio se prolongan durante todo el S. XVI. La
ruina del monasterio sobrevino con la invasión francesa, momento en que se utiliza como acuartelamiento.