La teoría sobre la explosión más discutida, perseguida y tratada de desmentir fue la de atribuir la explosión a la intervención de alienígenas. Esta teoría la planteó por primera vez el escritor soviético de ciencia-ficción Alexander Kazantsev, en el año 1946, desarrollando su teoría en forma de cuento para esquivar la censura del partido comunista, Kazantsev sugirió que la explosión sobre Siberia había sido causada por el incendio de una nave alienígena movida por motores de energía nuclear. Kazantsev en su cuento desarrolla la hipótesis de que los extraterrestres habrían venido para aprovisionarse de agua en el lago Baikal, el mayor lago de agua dulce del planeta, al entrar su nave a través de la atmósfera, la fricción la calentó hasta hacer estallar sus motores, produciéndose en el aire una explosión como la de la bomba de Hiroshima. Esta teoría explicaría la visión de la bola de fuego capaz de cambiar de dirección, que vieron los testigos y explicaría la explosión en el aire. Otro escritor de ciencia-ficción llamado John Baxter, en su libro “The fire came by”, publicado en 1976, siguió la teoría de Kazantsev al comparar los efectos de la explosión de Tunguska con los de la bomba de Hiroshima, ya que algunos testigos afirmaron cuando les entrevistó Kulik que habían visto una especie de hongo gigante y además en Hiroshima se habían mantenido en pie los árboles del centro de la explosión, al igual que en Tunguska. Los habitantes de la zona afirmaron a los primeros investigadores que varios de sus renos morían rápidamente y tenían extrañas costras en su piel, atribuidas hoy en día por los defensores de esta teoría a probables cáncer de piel, provocados por la radioactividad. Además los testigos hablaron de una extraña “lluvia negra”. Otro indicio de la existencia de radioactividad en la zona es que alrededor del punto de la explosión se ha producido un crecimiento acelerado de vegetación y otros trastornos genéticos.
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