Minkowski enseñó medicina en las universidades de Estrasburgo desde 1882 hasta 1904, y desde 1904 hasta 1905 fue profesor en la academia de medicina práctica en Colonia, donde había dirigido el departamento de medicina interna desde 1900. Fue director de la clínica médica de Greifswald 1905-1909, y en Breslau de 1909-1926.