Reinstalado en España, le fue encomendada la labor de catalogar las obras de la nueva Biblioteca del Real Monasterio de El Escorial; una de las mayores de la cristiandad y la más importante del mundo en recopilación de textos de origen árabe. No olvidó nunca su relación con Cristóbal Plantino, con quien realizó más trabajos posteriormente. Tras varios años se retiró a Sevilla, donde murió en 1598.