El convento fue fundado en 1518 por Leonor Laso de la Vega y Figueroa, quien fu su abadesa durante 40 años. Era hija del badajocense Lorenzo Suárez de Figueroa y Mendoza, embajador de los Reyes Católicos en Venecia, donde encargó su lauda sepulcral que hoy se conserva en el claustro de la Catedral. En 1580 el coro de su capilla fue lugar de enterramiento temporal de la reina Ana de Austria, esposa de Felipe II, que se alojaban en el vecino palacio de los Fonseca, patronos del convento. Desde 1771 quedó bajo la protección real, disponiéndose el escudo con las Armas Reales de las Casas de Austria y Borbón sobre su portada. Preside el Altar Mayor una talla de Nuestra Señora de las Virtudes y del Buen suceso, encontrada durante unas obras en la Iglesia de los Jerónimos de Madrid a principios del siglo XVII.