Esta nave fue cerrada en su parte de levante mediante un muro provisional en el que se colocó el
retablo que Antonio Caro había construido para la
iglesia anterior y comenzó a ser utilizada para los diversos cultos parroquiales. Se accedía por tres
puertas: la Mayor, a los pies de la nave, y las de
San Agatángelo y de la Resurrección, en sus lados norte y sur, respectivamente. Precisamente, la presencia de estas dos últimas puertas, atípicas en el conjunto final del templo, ya que lo habitual es abrir únicamente accesos laterales en los extremos del crucero, se explica por esta construcción escalonada del
edificio.