A causa de los fuertes aguaceros que cayeron sobre la ciudad en los primeros meses de 1672 el templo se vio seriamente afectado y se detectaron desprendimientos de sillares en su interior. Consultado el arquitecto de origen genovés Francisco Verde, que se hallaba en
Elche para reconocer algunos
edificios civiles deteriorados por los temporales, sugirió el cierre inmediato de la
iglesia, de manera que los sermones de Cuaresma se trasladaron a la
parroquia de
San Salvador.
