La documentación conservada en el Archivo Histórico de la actual Basílica nos permite conocer la distribución interior de este tercer templo. Ocupaba aproximadamente el mismo espacio que la nave central del actual. Su
altar mayor estaba dedicado a la
Virgen María y contaba con diversas
capillas y
altares laterales en donde se hallaban los enterramientos de algunas
familias ilicitanas. En el lado de la Epístola –derecha de la nave conforme se mira al altar mayor- estaban las capillas de
San Juan Evangelista, de los López de Vergara; del
Santo Cristo, de los Sarrió; de San Antonio Abad, de los Gras; altar de San Jerónimo, de los Perpiñán; y la
capilla de San Diego –que tenía funciones de capilla de la
Comunión-, de los Quirant.
