Fernando VI instaló en la capital el
jardín botánico, situándolo en la
Huerta de Migas Calientes (actualmente
Puerta de Hierro, a orillas del
río Manzanares) en 1755, creando así el Real Jardín Botánico. Contaba con más de 2000 plantas, recogidas por José Quer, botánico y cirujano, en sus numerosos viajes por la Península Ibérica y Europa, sobre todo a
Italia donde fue destinado, u obtenidas por intercambio con otros botánicos europeos. La continua ampliación del jardín llevó a que Carlos III diera instrucciones en 1774 para trasladarlo a su actual emplazamiento en el
Paseo del Prado de
Madrid, dentro del programa de ordenación del
Salón del Prado y Atocha.
El Conde de Floridablanca, primer ministro de Carlos III, puso especial interés en el traslado del Jardín al prado viejo de Atocha. No sólo porque permitiría embellecer el proyecto del Salón del Prado, sino, sobre todo, porque serviría como un símbolo del mecenazgo de la Corona con las ciencias y las artes. No hay que olvidar que en esta zona del Salón del Prado se ubicarían además del Real Jardín Botánico, el Real Gabinete de
Historia Natural (posteriormente
Museo del Prado) y el Observatorio Astronómico. Uno de los científicos que participó en el proyecto de construcción del Real Jardín Botánico en el Prado fue el catedrático Casimiro Gómez Ortega.