El Marqués de Cubas realizó un nuevo proyecto, más ambicioso que el anterior, inspirado esta vez en el
gótico francés del siglo XIII, sumando elementos de las
catedrales de Reims, Chartres y
León. Ese proyecto, que incluía por primera vez una gran cripta neorrománica, es el que sirvió de base para la construcción definitiva. En 1899 falleció el marqués de Cubas y se sucedieron en la dirección de las obras Miguel Olabarría, Enrique Mª Repullés y Juan Moya.