El
altar mayor es obra de Juan Antonio Cuervo, quien se encargó como arquitecto con el consenso de la Real Academia de Bellas Artes de
San Fernando de la restauración llevada a cabo en 1826; sigue el modelo del que existía antes de ese incendio, que no era ya el
retablo barroco proyectado por Francisco Rizi, y lo ocupa el gran cuadro del Martirio de San Ginés firmado por José San Martín, «recreación» del óleo destruido de Rizi, del que la
iglesia conserva el boceto.