Con el cierre de los
santuarios de Isis en Filé en el siglo VI, el templo dejó de ser lugar de culto pagano, y comenzó su progresivo abandono y deterioro. El templo surge estrechamente vinculado a un hecho histórico de extraordinaria importancia en la
historia del
Egipto ptolemaico: la llamada "Secesión Tebana". Con la llegada de los
romanos y la incorporación de Egipto al Imperio, se realizaron nuevas obras de ampliación en el templo, fechables bajo los principados de Augusto y Tiberio.