Algunos pasajeros y miembros de la tripulación de los aviones secuestrados pudieron llamar con sus teléfonos móviles, informando de que había varios secuestradores en cada avión. Un total de 19 fueron más tarde identificados por el FBI, cuatro en el vuelo United 93 y cinco en los otros tres vuelos.
Según revelaron los testimonios desde los propios aviones, los secuestradores habían tomado el control de éstos usando simples navajas con las que mataron a azafatas de vuelo y al menos a un piloto o pasajero. Según las investigaciones de la Comisión del 11-S, se tiene constancia también de que fue usado algún tipo de espray para retener a los pasajeros en la cabina de primera clase. Asimismo se amenazó con la presencia de una bomba en tres de los aviones; no fue así en el American Airlines 77. Según las conclusiones de esta comisión, se piensa que los avisos de bomba eran probablemente falsos.
La segunda torre acaba de ser impactadaEn el cuarto avión, la caja negra reveló que los pasajeros, después de enterarse de que el resto de aviones habían sido estrellados deliberadamente, trataron de retomar el control de los aparatos, a lo que los secuestradores reaccionaron moviendo el avión en un fallido intento para someter a los pasajeros. De acuerdo con la grabación 9-1-1, uno de los pasajeros, Todd Beamer, pidió a la persona con quien hablaba por teléfono que rezara con él y al finalizar simplemente dijo "let's roll". Poco después, el avión se estrello en un campo cercano a Shanksville en Pensilvania a las 10:03.11 am hora local. Existe un debate acerca del momento exacto en que el avión chocó contra el suelo ya que los registros sísmicos registran el impacto a las 10:06 am. Posteriormente el lider de Al Qaeda capturado Khalid Shaikh Mohammed dijo que el vuelo 93 tenía como objetivo el Congreso de los Estados Unidos.
La expresión "let's roll" comenzó a ser ampliamente usada en los Estados Unidos luego de los ataques. Neil Young compuso una canción con ese título como tributo a las víctimas. Por su parte, la viuda de Beamer patentó la frase como marca registrada.
Los atentados extendieron la confusión en todos los Estados Unidos. A lo largo del día se sucedió la publicación de todo tipo de informes y noticias sin confirmar y contradictorias. Una de las más persistentes fue la de que había estallado un coche bomba en la sede central del Departamento de Estado de los Estados Unidos, el edificio Trumann en Washington de.C.. Esta falsa noticia pasó por las agencias de noticias y llegó a ser publicada por varios periódicos ese día. Otro informe difundido por la agencia Associated Press afirmaba que el vuelo 1989, un avión Delta 767, había sido también secuestrado. La noticia resultó ser también un error, el avión había sido considerado brevemente como en riesgo de secuestro pero finalmente respondió a los controladores aéreos, aterrizando a salvo en el aeropuerto de Cleveland, Ohio.
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