Una fría noche de diciembre de 1639, don Francisco de Quevedo y Villegas fue recluido en un calabozo de este convento, del que no saldría hasta tres años y medio después, el 7 de junio de 1643. Hay quien dice que un memorial al Conde Duque de Olivares entregado a Felipe IV bajo una servilleta en palacio, fue el detonante de tal encierro. Su calabozo ya no existe, aunque es tradición identificarlo con una lóbrega estancia de la torre oriental que haría justicia a sus palabras: "fui traído en el rigor del invierno, sin capa y sin camisa, de 61 años a este Convento Real de San Marcos, donde he estado todo este tiempo en rigurosísima prisión, enfermo de tres heridas, que con los fríos y la vecindad de un río que tengo por cabecera, se me han cancerado, y por falta de cirujano, no sin piedad, me las han visto cauterizar con mis manos; tan pobre que de limosna me han abrigado y entretenido la vida. El horror de mis trabajos ha espantado a todos."
Quevedo abandonó San Marcos para morir en 1645.