El convento de San Pablo de Burgos fue un convento dominico, actualmente desaparecido, situado en la ciudad de Burgos. La mayoría de los historiadores actuales señalan que fue fundado en el año 1224,​ aunque la tradición afirmaba que había sido fundado por Santo Domingo de Guzmán en el año 1218.

Durante la Guerra de la Independencia Española las tropas francesas lo convirtieron en cuartel y quedó muy deteriorado. En 1835, durante la Desamortización de Mendizábal, los frailes dominicos fueron expulsados del convento de San Pablo, que fue utilizado sucesivamente como cárcel, cuartel y hospital. Hacia 1870 las ruinas de la iglesia y del convento que aún permanecían en pie fueron demolidas por el ejército, por orden del Ministerio de la Guerra,​ para construir un cuartel, suponiendo dicha orden la desaparición completa del antiguo convento. El cuartel fue utilizado durante un siglo, hasta que fue demolido en el año 1973.

Entre los meses de septiembre de 2002 y junio de 2003 se llevó a cabo el estudio arqueológico de las ruinas del convento de San Pablo.​ En el terreno que ocupaba el convento se encuentra en la actualidad el museo de la Evolución Humana de Burgos.