Los dos tramos de la nave tienen
bóveda de crucería
gótica pero toda la ornamentación y labra de los sepulcros son renacentistas. Están separados por la
reja de Domingo de Céspedes. El primer tramo forma el cuerpo de la pequeña
iglesia con algunos
altares y en el segundo tramo es donde se encuentran los enterramientos reales trasladados y metidos en arcosolios renacentistas, obra de Covarrubias.