Trazado por Nicolás de Vergara el Mozo, y construido entre 1588 y 1600, se une mediante un acogedor patio al Hospital de Caridad fundado por el Cardenal Cisneros. En él se custodian valiosas obras de arte en pintura, escultura, orfebrería y vestidos de la imagen de la Virgen de la Caridad.
En su interior, el retablo mayor que el Greco realizará entre 1603 y 1605, constituye una de las más relevantes obras del cretense.