Edificada a mediados del siglo XII, se amplió en época del obispo don Rodrigo (1192-1221). En su nave se reunieron los concejos de la ciudad. En la actualidad y tras ser semiderruida en la Guerra Civil, se rehabilita como Centro de Interpretación del Románico de Guadalajara.
En las excavaciones de su nave se hallaron vestigios de un torreón islámico.