Es el edificio más antiguo del pueblo, fue construida en el año 1100, sobre el antiguo castillo de Mayrena, fortaleza militar construida tras la reconquista de Horche por Alvar Fáñez de Minaya, en el año 1085.
La ermita de san Sebastián ocupó el puesto de iglesia parroquial hasta que se construyó la iglesia de la Asunción en los siglos XV y XVI.