Visitas pastorales
Era consciente de la extensión de su arzobispado, que comprendía desde la ciudad de Lambayeque hasta la ciudad de Quito. A este hecho, y a las tres visitas pastorales que realizó recorriendo y organizando su jurisdicción, se debe el origen de las circunscripciones políticas que asumiría el Virreinato y continuaría posteriormente la república peruana.
Estas visitas pastorales lo forzaron a pasar solo ocho de sus veinticuatro años como arzobispo en la ciudad de Lima, lo que le ganó algunas críticas por parte de las autoridades virreinales. El resto del tiempo, lo pasó viajando por el país.
Hizo construir caminos, escuelas, varias capillas, hospitales, conventos y fundó el primer Seminario americano en Lima en 1591, que en la actualidad lleva su nombre. En obediencia a las directrices dictadas en el Concilio de Trento, se propuso reunir a los sacerdotes y obispos de América para promulgar leyes acerca del comportamiento que deben tener los católicos, para lo cual congregó a trece sínodos diocesanos y tres concilios provinciales. Insistió y obtuvo que los religiosos aceptaran parroquias en sitios supremamente pobres. Gracias a sus gestiones, el número de parroquias o centros de evangelización en su arquidiócesis, aumentó de 150 a 250 parroquias en su territorio, al momento de su fallecimiento veinticinco años después.
Primera visita
La primera de estas visitas se inició en 1584 recorriendo el norte de la sierra peruana desde Lima hasta Cajamarca, pasando por Chachapoyas y Moyobamba, invirtiendo en ella seis años.
Segunda visita
En la segunda visita, realizada entre 1593 y 1597, se dirigió nuevamente hacia el norte, pero esta vez por la zona litoral del departamento de Áncash, Trujillo y Lambayeque.
Tercera y última visita
La tercera, que inició en enero de 1605, quedó inconclusa por su muerte. Entre una y otra, realizó viajes a pueblos de Lima, Callao, Mala, San Vicente de Cañete, Chincha y Nazca. La mayor parte del recorrido lo hizo generalmente a pie, indefenso y a veces solo; expuesto a las inclemencias del clima, desiertos, animales salvajes, fiebres y tribus de indígenas hostiles. En esta visita, bautizó y confirmó a cerca de medio millón de personas, entre ellas a Santa Rosa de Lima, San Francisco Solano, San Juan Macías y San Martín de Porres.
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