Terminada la Guerra Civil, se dedicó a cárcel para presos políticos entre los años 1939 y 1943, en cuyo periodo murieron algunos presos, ajusticiados en virtud de sentencia o a causa de diversas enfermedades y fueron enterrados en una zona externa al monasterio, conocida como «La Tahona». Cerrada la prisión, fue restaurado y acogió en octubre de 1949 el seminario menor del obispado de Cuenca, con el nombre de Seminario Menor «Santiago Apóstol». La guerra civil española o guerra de España, también denominada por los españoles como Guerra Civil por antonomasia, fue un conflicto bélico —que más tarde repercutiría también en una crisis económica— que se desencadenó en España tras el fracaso parcial del golpe de Estado del 17 y 18 de julio de 1936 llevado a cabo por una parte del Ejército contra el Gobierno de la Segunda República. Tras el bloqueo del Estrecho y el posterior puente aéreo que gracias a la rápida colaboración de la Alemania nazi y la Italia fascista, trasladó las tropas rebeldes a la España peninsular en las últimas semanas de julio, comenzó una guerra civil que concluiría el 1 de abril de 1939 con el último parte de guerra firmado por Francisco Franco, declarando su victoria y estableciendo una dictadura que duraría hasta su muerte el 20 de noviembre de 1975. El seminario es una casa de formación para jóvenes y adultos, que de manera voluntaria y aceptados por las autoridades eclesiásticas de las que depende, inician un itinerario de formación que los conduce al ministerio sacerdotal. La diócesis de Cuenca es una diócesis católica situada en España y tiene su sede en la Catedral de Santa María y San Julián de la ciudad de Cuenca.

(21 de Febrero de 2009)