En la actualidad el templo presenta tres naves y tres tramos separados por cuatro elegantísimas
columnas jónicas de 13,65 m de altura, quizá las más hermosas del Renacimiento español, no en balde, técnicamente fueron diseñadas por Diego de Siloé y artísticamente por Jerónimo Quijano. Jonia (en griego antiguo Ιωνία o Ιωνίη / Iōnía o Iōníē) es el nombre con el que se conocía en tiempos de la Antigua Grecia a la costa centro-occidental de Anatolia, llamada actualmente Grecia asiática, y que incluía además las islas adyacentes. Se trata de una región histórica. En la actualidad, la parte continental pertenece a Turquía. Renacimiento español es la expresión empleada para designar a la influencia y al desarrollo que se dio en
España, del movimiento
artístico y científico originado en
Italia en el siglo XV, y que se fue expandiendo por el resto de Europa Occidental en el s. XVI, conocido como Renacimiento.