Conjunto histórico y monumental construido entre finales de los siglo XII al XIV sobre el antiguo monasterio y abadía de los santos Emeterio y Celedonio. Comprende dos iglesias superpuestas un claustro con dependencias anejas.
Sobre el cerro rodeado de agua, donde estuvo el asentamiento romano del Puerto de la Victoria, se levantó a partir del siglo VIII una iglesia para guardar las reliquias de los Mártires sacrificados en Calahorra cinco siglos antes. Sus cráneos fueron traídos por los que huían de la invasión musulmana.
Fue elevada a rango de Colegiata en 1131 por Alfonso VII, y comenzada la reconstrucción de los actuales edificios por iniciativa de Alfonso VIII.
En 1754, La Colegiata de los Cuerpos Santos fue transformada en catedral por el Papa Benedicto XIV.
Sufrió considerables desperfectos con motivo de la explosión de la dinamita del vapor Cabo Machichaco (1893) y durante el posterior incendio del centro de la ciudad (1941).