Destaca su biodiversidad por el alto número de especies mediterráneas y endémicas que posee, tanto a nivel terrestre como marítimo. Algunas de las especies presentes en el archipiélago son la lagartija balear (Podarcis lilfordi), la gaviota de Audouin (Larus audouinii), el cormorán moñudo (Phalacrocorax aristotelis), el águila pescadora (Pandion haliaetus) así como varias especies de murciélagos autóctonos.