Era difícil sacar adelante la empresa sólo con los insuficientes medios que les permitía el legado fundacional. Un nuevo pleito a finales del siglo XVIII y los efectos de la desamortización volvieron a afectar a la comunidad que se vio despojada de muchos de sus bienes. Las presiones urbanísticas de mediados del siglo XX llevaron a la venta del
monasterio en 1962 y comenzar la construcción de uno nuevo en el Camí Vell de la
Bunyola, al noreste de Palma, donde en 1966 se consagró la nueva
iglesia, en 2013 el nuevo monasterio se cedió a la Fundació Sant Joan de Déu. En 1964 se protegió la antigua iglesia del primer establecimiento y se pudo salvar del derribo, el
claustro se trasladó a la facultad de Filosofia i Lletres de la Universitat de les Illes Balears.