Despuig murió ese mismo año y se puso en marcha el proyecto solicitando las oportunas licencias, en 1658 llegaban las primeras monjas procedentes de
Santa Caterina de Siena de
València que se establecieron cerca de la Seu, hasta que en 1659 se pudieron trasladar al emplazamiento definitivo del
monasterio, en la
calle Sant Miquel donde también se trasladaron los restos del fundador, siguiendo su voluntad. Las disputas y pleitos entre las personas designadas para llevar adelante los deseos de Despuig y los desacuerdos con sus familiares marcaron el primer siglo de vida de la
casa, afectando a su correcto desarrollo. Además, también se encontraron con la oposición de otros estamentos de la
Iglesia que eran contrarios a un nuevo establecimiento monástico femenino, en una ciudad en la que ya había muchos.