En 1623 se constituye como casa de recolección, restablecido por fray Bartolomé de San Francisco. De este modo siguió durante los dos siglos siguientes, en los que se incrementó el número de frailes, se renueva el edificio y se amplía su acción apostólica y cultural. Según el P. Germán Rubio, en el siglo XVII se hicieron grandes reformas especialmente por el padre fray Blas de Benjumea, Ministro Provincial entre 1663-1666. El terremoto de 1755 afectó principalmente a la iglesia, abovedándose su cuerpo y levantándose una cúpula con linterna sobre el crucero. También se vio afectado el claustro de la portería, el cual se rehizo de nuevo, aprovechándose los cimientos antiguos. El siglo XIX supone el ocaso del monasterio de Santa María de La Rábida. Todo se inicia con la invasión francesa, el saqueo y el cierre temporal del convento. Aunque permanecieron dos religiosos en el cenobio, el desastre fue general. Posteriormente, entre 1820 y 1823, con la exclaustración temporal, se clausuró el monasterio.

(20 de Abril de 2019)