En la década de los noventa la ciudad acomete la construcción de la Avenida de
Andalucía y cierra finalmente la media luna que dividía en dos la ciudad. Es ya en el primer quinquenio del siglo XXI cuando la avenida se prolonga hasta enlazar con la Autopista A-49 y en un nuevo PGOU se construyen nuevos
barrios a su alrededor como Nueva
Huelva o La Florida. De cara al siglo XXI el gran proyecto de futuro de la ciudad tiene por lema Huelva mira a la ría. Incluye un
paseo marítimo, un
puerto deportivo, un centro comercial, la ampliación del Nuevo Colombino, una
catedral, la nueva
estación de Huelva,
museos y
teatros, un
palacio de congresos, el nuevo recinto ferial y grandes zonas verdes. A finales del siglo XX y en los primeros años de la década de los años 2000 se intentan cerrar los espacios huecos de la ciudad y se trazan planes urbanísticos para la zona de la ría. Las distintas barriadas de la ciudad agrupadas por zonas se distribuyen de la siguiente manera: La zona centro de la ciudad, que compone lo que es el
centro histórico y que se complementa con las nuevas barriadas cercanas a la ría y al puerto de Pescadería (como conexión con el futuro «Ensanche") y de Zafra, en la que se encuentran diferentes sedes del gobierno autónomo.