En los disturbios de la Guerra Civil de 1936 fue destruido su ajuar mueble, pero la fábrica no sufrió daños. Por ello, acogió provisionalmente la Parroquia de la Concepción mientras era restaurado su templo. En 1958, la capilla fue convertida en sede de la Parroquia de la Estrella del Mar por Pedro Cantero Cuadrado, dentro de su plan de establecimiento de nuevas parroquias para atender el crecimiento de la ciudad. El fenómeno de la persecución religiosa durante la guerra civil española a los miembros de la Iglesia católica que se enmarca en el contexto histórico de la guerra civil española comprende a miles de personas, religiosos y laicos que forman parte del conjunto de víctimas de la Guerra Civil, e incluye también la destrucción de patrimonio artístico religioso y documental. Entre estas personas se encontraron numerosos religiosos pertenecientes al clero secular, órdenes, congregaciones y distintas organizaciones dependientes de la Iglesia católica española que sufrieron actos de violencia que culminaron en miles de asesinatos, alcanzando las dimensiones de un fenómeno de persecución en las áreas de control nominal republicano principal, aunque no únicamente, durante los primeros meses del conflicto armado y de la revolución social que tuvo lugar en dicha zona. En la zona bajo control de las fuerzas sublevadas existieron también episodios, aunque en un número muchísimo menor y en momentos puntuales, hacia religiosos. Pedro Cantero Cuadrado fue un sacerdote católico español, obispo de Barbastro y de Huelva y arzobispo de Zaragoza, sucesivamente. El 28 de febrero de 1969 sufre graves daños estructurales a causa de un terremoto. Fueron subsanados, pero en 1976 el cambio del nivel freático de la zona provocó nuevos agrietamientos en la fábrica que conllevaron un nuevo cierre. En 1981, las Hijas de la Caridad donan el ruinoso templo a la diócesis de Huelva.

(20 de Abril de 2019)