Posteriormente, Belalcázar se vio inmerso en las disputas entre las familias de Pizarro y Almagro en Perú, ayudando al Licenciado Pedro de la Gasca a vencer a Gonzalo Pizarro. En 1546 ordenó la ejecución de Jorge Robledo, un gobernador provincial vecino, en otra disputa territorial. Fue enjuiciado in absentia por este crimen, hallado culpable y condenado a muerte por este asesinato, por malos tratos cometidos contra los indígenas y por participar en las luchas acaecidas entre los conquistadores. Víctima de su propia ambición, murió en Cartagena de Indias, antes de emprender el viaje de vuelta a España para apelar la decisión del tribunal.