Las noticias sobre las riquezas de los incas y la conquista que emprendió Francisco Pizarro llegaron a oídos de Alvarado en Guatemala. Solicitó y consiguió permiso del Rey de España para hacer descubrimientos y conquistas en las tierras de la provincias de Quito del Imperio Inca que estuvieran fuera de los límites asignados a Francisco Pizarro. Construyó su flota en el Pacífico Sur, donde fundó el Puerto de Iztapa (en Guatemala). A principios de 1534 se hizo a la vela con una flota compuesta por ocho navíos, en los cuales se embarcaron 500 infantes bien armados, 227 caballos y un número de indígenas de Guatemala. Bartolomé de las Casas, en su Brevísima Relación, recuerda la mortandad de indios que generaban estas expediciones, tanto por obligarlos a transportar hasta el Mar del Sur los materiales con los que se construían los barcos, como por las condiciones de viajes y trabajos.