Mientras tanto y sin conocer del nombramiento en España de Alderete, en Chile Francisco de Aguirre y Francisco de Villagra se disputaban el gobierno. El testamento de Valdivia prescribía que en ausencia de Alderete debía sucederle Aguirre, y aunque éste se encontraba en la conquista de la región de Tucumán a la muerte del Gobernador, apenas supo la noticia volvió con sus tropas a exigir para sí la sucesión. Los cabildos de las ciudades del sur, amenazadas por el alzamiento indígena posterior a Tucapel, habían designado Gobernador a Villagra, quien estaba al frente de las fuerzas españolas en la guerra de Arauco. Por su parte, el cabildo de Santiago había preferido designar a un vecino de esta ciudad, Rodrigo de Quiroga. Esta confusión, nefasta para los españoles pues tenía lugar junto a los estragos que les provocaba el líder mapuche Lautaro, fue resumida con maestría por Alonso de Ercilla: