Su muerte y funeral fueron muy sencillos, sin grandes autoridades civiles ni eclesiásticas. Su cuerpo fue sometido al tratamiento de la excarnación, consistente en retirar toda la carne de los huesos. Sus restos fueron sepultados en Valladolid, aunque posteriormente su cuerpo fue exhumado y llevado al Monasterio de la Cartuja, en Sevilla. Posteriormente, en el año 1542, sus restos fueron trasladados por su hijo Diego a Santo Domingo. Tras la invasión francesa a la isla en 1795, sus restos fueron llevados a Cuba, y tras la independencia de esta isla, fueron llevados sus restos a España en 1898, donde descansan ahora en latumba colon en sevilla catedral de Sevilla.