Una vez en España, esperó con impaciencia ser citado por la Corte, con la finalidad de informar de su cuarto viaje, pero Isabel la Católica se encontraba muy enferma (enfermedad que a la postre la llevaría a la muerte el 26 de noviembre de 1504) y nunca tuvo una buena relación con el rey Fernando, quien tenía un mal concepto de Colón. La reina Isabel había sido la gran protectora de Colón, lo había liberado de su condena tras el tercer viaje y le había restituido privilegios. Con ella, moría toda esperanza de Colón de obtener el reconocimiento de sus derechos.