En 1556 desde España se instaló el sistema de encomiendas que era en realidad una forma de abuso mayor y explotación. El indígena así trabajaba para el encomendero realizando todo tipo de labores como cuidar ganado, recolectar yerba mate desde la selva en grandes fardos a hombro, en el caso de los y las mujeres hilaban y tejían. Algunos corrían una suerte peor ya que se transformaban en yanaconas y no volvían a ver a su familia viviendo como sirvientes de los españoles. Se agregaron a comienzo de siglo los bandeirantes portugueses, que eran bands armadas que incursionaban Paraguay secuestrando a los indios para venderlos como esclavos. Como si todo esto fuera poco se sumaron las enfermedades que trajeron los españoles y para las cuales los guaraníes, y el resto de los indígenas, no tenían defensa, produciéndose gran mortandad.