También se presento la hipótesis del origen autóctono de la población americana. Varios sabios plantearon que el hombre se habría originado separadamente en todos los continentes, y América no era la excepción. Bory de Saint-Vincent, Frederick Muller, Morton, Meigs, Agassiz, Hervé, Haeckel, Hovelacque, Pouchet y otros habrían defendido esta hipótesis, llamada poligenista, porque el hombre se habría originado en muchos lugares diferentes a la vez o separadamente. Isaac La Peyrère, autor de Preadamitae (1655), mantenía que Adán solo era el progenitor de los judíos, mientras que los otros pueblos antiguos descendían de antepasados preadamitas. Henry Home, lord Kames, trató de llegar a un acuerdo con el Génesis en su libro Sketches of the history of man (1774), diría que las diferencias del ser humano se habrían generado luego de la construcción de la Torre de Babel, Dios habría equipado milagrosamente a cada grupo de hombres con especiales adaptaciones al clima, inteligencia y demás. Afirmaba que los americanos no descienden de ningún pueblo del viejo mundo y postulaba una creación distinta para explicar su existencia. Dios habría creado a todos los pueblos a partir de Adán y Eva, mientras que a los americanos los creo solos, ¿serian el verdadero pueblo elegido?