El niño estaba encantado por estos relatos. Pero su padre quería que Hernán estudiara las ciencias y las Letras. A los 14 años, Hernán dejó la casa familiar en compañía de su tío para ingresar a la Universidad de Salamanca. En la época, Salamanca era uno de los centros humanistas más importantes de España y contaba con más de 8000 estudiantes. Permaneció dos años en esta ciudad y bajo la tutela de otro de sus tíos, Francisco Núñez de Valera, aprendió a brillar en sociedad por su erudición.