En la práctica, Carlos V tenía contacto con los consejos a través de sus secretarios, motivo por el cual la figura de éstos cobró gran importancia durante su reinado. Como los otros órganos de gobierno, las secretarías se asentaban sobre criterios nacionales y no imperiales. Entre la masa de secretarios de Carlos, destacaron Francisco de los Cobos y Nicholas de Perrenot, señor de Granvelle. Carlos tuvo siempre plena conciencia del poder y las banderías de los secretarios. Así, cuando en 1543 dejó a su hijo Felipe como regente de España, le remitió las famosas Instrucciones Secretas de Carlos V a Felipe II, verdadero compendio de consejos para gobernar un imperio, en las que le indicaba cómo valerse de las rivalidades de los consejeros y de sus ambiciones personales. Asimismo, en ellas recomendaba a su hijo que no otorgara cargo importante alguno a ningún grande de España; sólo debía utilizarlos para asuntos militares.