Es cierto que el nieto de los reyes, Carlos I, abre una nueva era: España se ve envuelta en una problemática europea (la lucha contra el protestantismo) que no siempre coincide con sus intereses estrictamente nacionales. El hecho quedó ocultado durante los dos siglos en los que los Habsburgos reinaron pero, en el siglo XVIII, empieza a notarse la añoranza de la última dinastía nacional; así Cadalso en sus Cartas marruecas escribe: «La monarquía española nunca fue más feliz por dentro, ni tan respetada por fuera, como en la época de la muerte de Fernando el Católico» (carta LXXIV). Nótese la referencia a Fernando, con omisión de Isabel. Los liberales y los románticos del siglo XIX están en la misma línea. Ellos consideran a los Austrias como responsables de la decadencia de España; los ven como una dinastía extranjera, tiránica e intolerante que derrotó a los comuneros, puso fin a las libertades de Castilla, enzarzó al país en una serie de guerras en defensa del catolicismo que acabaron arruinándolo e impusieron una feroz intolerancia. Esta era la opinión de Moret en 1886: después de los Reyes Católicos que conquistaron a Granada, unieron «bajo un solo cetro casi todos sus territorios», abrieron «la era moderna con el descubrimiento de América», vino Carlos I y «aquella España torció su dirección histórica y se fue a combatir en el norte de Europa las ideas protestantes a nombre de los intereses de la Casa de Austria». Dadas aquellas premisas, era lógico que los Reyes Católicos aparecieran como los últimos monarcas verdaderamente nacionales que tuvo España y los liberales les perdonaron mucho en aras de las circunstancias, pasando casi por alto la expulsión de los judíos y el establecimiento de la Inquisición.