La imagen de los Reyes Católicos en los siglos XVI y XVII es netamente positiva; presenta indudables rasgos de mitificación pero también es cierto que siguió inspirando fundamentalmente la teoría y la práctica de los soberanos de la Casa de Austria. Hay que esperar a la nueva dinastía de los Borbones para que cambie sustancialmente el ordenamiento legado por Fernando e Isabel; tendencia al absolutismo y a la centralización sustituyen los principios anteriores. Los ilustrados se apartan de los Austrias pero siguen fieles admiradores de los Reyes Católicos en los que ven la última dinastía verdaderamente nacional que ha tenido España. La biografía de la reina por Diego Clemencín (publicada en 1821) inaugura una nueva etapa historiográfica al centrarse sobre la reina y relegar la figura de Don Fernando a un segundo plano. En el siglo XIX los liberales vieron en Isabel y en Castilla la raíz de la unidad nacional, de la lucha contra los privilegios «feudales», mientras la figura de Fernando sufría con la creación de tópicos, generados por la historiografía de la renaixença catalana, que veía en él un introductor del «centralismo», un elemento causante de la decadencia de Cataluña.