Una nueva política de reservas comenzó a formarse después de que los límites del ‘territorio indígena’ empezaron a ser ignorados. Al crear reservas indígenas, el congreso y la Oficina de Asuntos Indígenas esperaban desunir a los nativo-americanos y prepararlos para la integración con el resto de la sociedad americana, la ‘última incorporación en el gran cuerpo de nuestra población ciudadana’. Esto permitió el desarrollo de docenas de pueblos en la ribera del río Missouri en el nuevo territorio de Nebraska. Los pueblos pioneros más influyentes fueron Omaha, Nebraska City y St. Joseph.