Los buenos augurios de esta entrevista se truncaron con el alargamiento de la guerra de Granada -se suponía su fin con la rendición de Baza-. Nuevamente el proyecto fue paralizado y acentuó la penuria económica de Colón, que volvió a entrar en negociaciones con el rey de Francia. Quizá pensando ya en abandonar España, Colón se dirigió de nuevo a La Rábida. Allí entró en juego un personaje fundamental: fray Juan Pérez, que había sido confesor de la reina. Pérez le escribió a la propia Isabel la Católica y ésta convocó a Colón en Santa Fe -lugar en el que se encontraban los monarcas para el definitivo asedio de Granada- y le proporcionó una nueva ayuda económica.