El templo posee varias
cúpulas, destacando dos: la
cúpula del crucero, compuesta por un tambor y casquete semiesférico; se asienta sobre pechinas y en su exterior está cubierta por azulejos dorados que durante el día le prestan gran luminosidad. Contigua a ésta se encuentra otra cúpula de menores dimensiones, situada sobre el
altar mayor. Otra cúpula menor se sitúa sobre la
capilla dedicada a guardar las reliquias. El
reloj de la
catedral, de factura más reciente (1851), fue realizado por José Manuel de Zugasti.