El cuerpo principal de la
iglesia consta interiormente de tres naves donde se distribuyen distintos
retablos de rocalla. La nave central se cubre con
bóveda de cañón reforzado por
arcos fajones, mientras que las dos naves laterales lo hacen mediante
bóvedas de aristas. En su interior conserva una serie de interesantes retablos barrocos del siglo XVII, siendo el más relevante el
Retablo Mayor, realizado entre 1651 y 1653, obra del maestro ensamblador Alejandro Saavedra, con dorado y policromado realizado por Juan Gómez Couto hacia 1670. Este retablo, que se presenta enmarcado entre dos enormes
columnas salomónicas de orden
gigante, consta de cuatro cuerpos de altura (tres y el ático), y aparece presidido por una talla de una inmaculada cercana a Pedro Duque Cornejo, por encima se encuentra una imagen del
santo titular, Santiago, en el centro del piso superior, en el ático la imagen de un Crucificado.